Прошел год с момента создания Поселения «Призрак» — хрупкого симбиоза людей, разумной «Сети» и мутантов. Денис Волков, который из одиночного солдата стал лидером и уникальным «интерфейсом» с Зоной, пытается сохранить этот хрупкий мир. Однако равновесие начинает разрушаться.
Из глубин эпицентра, за мерцающим «Швом», доносится «Музыка» — пси-сигнал, который перестраивает аномалии и пробуждает древние формы жизни. К Поселению движется армия генерала Кораблёва с приказом уничтожить аномалию. Фанатики культа «Дети Шва» готовят кровавые ритуалы во имя «Певца». А доктор Марк, создав «Управляемое Желание», охотится за Денисом, стремясь стать богом новой реальности.
Чтобы спасти свой дом, Денису и его союзникам предстоит спуститься в спираль аномалии, которая ведет к самому сердцу Зоны. Там их ждет шокирующая правда о её происхождении и выбор: уничтожить зарождающийся разум ради старого мира или объединиться с ним, навсегда изменив судьбу человечества.