Семнадцатилетняя Акира Минамото ведет обычную жизнь токийской школьницы, пока однажды странная мелодия в её телефоне не превращает прохожих в призрачных воинов. Оказывается, она является последней наследницей древнего клана ниндзя Касуми, а таинственный трек содержит цифровую версию забытых боевых техник.
Однако за этим стоит корпорация "Мизухо Технолоджис", которая похищает духовные артефакты и превращает их в коммерческие товары. Во главе заговора находится дух мастера ниндзя Такеши Касуми, который был заточен полтора века назад в цифровую тюрьму.
Чтобы освободить своего наставника и защитить древние традиции, Акире предстоит собрать четыре священных свитка, разбросанных по всей Японии. Но её путешествие приведёт далеко за пределы родной страны — в Корею, где безумный учёный пытается воссоединить разделённый народ через мир мёртвых, и в Китай, где цифровые императоры планируют восстановить Поднебесную империю.