«Эфирный страж: Зарождение» — это рассказ о близнецах Кире и Кирилле Рудь, чьи жизни были разрушены безжалостной корпорацией «Ангус». Обладая уникальной генетикой, унаследованной от своих ученых родителей, они становятся разменными монетами в ужасном эксперименте под названием «Зарождение», целью которого является создание идеальных, послушных солдат.
Разделенные в детстве, они проходят через страшные испытания: Кира — через программу подготовки убийц, сражаясь с пробуждающейся в ней «Тёмной» силой, а Кирилл — через полное стирание своей личности и превращение в идеальное оружие «Омега-1». Их путь — это путь от жертв к борцам, от орудий в чужих руках к героям, объявившим войну самой системе.
Спасаясь, находя друг друга и теряя вновь, они объединяются с подпольным Сопротивлением, чтобы раскрыть правду о «Зарождении», спасти таких же, как они, и отомстить за своих родителей.