Прошло десять лет с тех пор, как произошли события первой части. Татьяна Королёва, ставшая признанным лидером общины "Родник", сталкивается с новыми вызовами. Её философия "права на различия" начинает распространяться за пределы станции, но сталкивается с ожесточённым сопротивлением со стороны традиционных фракций метро.
Когда на станцию приезжают представители крупнейших фракций метро - Ганзы, Красной линии и Рейха - с предложением о объединении, Татьяна осознаёт, что её идеи окажутся под серьёзным давлением. Каждая фракция рассматривает её философию как угрозу или инструмент для достижения собственных целей.
В то же время разворачивается история молодого сталкера Алексея Громова, который приносит новости о загадочных изменениях на поверхности. Мутанты начинают проявлять признаки разума, а уровень радиации в некоторых местах стремительно падает. Эти открытия ставят под сомнение основные представления жителей метро о мире наверху.